乳腺癌的免疫組化標記大致分為以下四類： 1、鑒別腫瘤來源：因為乳腺里有小葉，如果是導管來源的腫瘤稱為導管癌，選用E-鈣黏附蛋白會陽性，P120會是細胞膜陽性；如果是小葉來源的腫瘤，也會選用這兩種抗體，小葉來源腫瘤E-鈣時為陰性，P120是細胞漿陽性，等于是腫瘤細胞來源標記； 2、導管良惡性腫瘤鑒別：通常選用肌上皮特異性標志物，比如CD40、CD10、SMA、P63、Calponin等；如果是導管內腫瘤，通常導管上皮的肌上皮不會缺失，標記陽性。如果導管外的有浸潤性癌，此肌上皮會缺失，表達為陰性； 3、藥物靶向治療：ER、PR、HER-2，臨床最多見的就這三種；如果是ER、PR陽性，可以采取內分泌治療；如果是HER-2陽性HER-2過表達，可以采用藥物靶向治療Herceptin；如果是這三者都陰性，表明病人預后較差，沒有特異性治療方式； 4、預后相關標志物：常見的有Ki-67、P53、PCNA、Bcl-2等，也是對腫瘤的預后一種指導。