免疫組化并不是確定乳腺癌良、惡性的病理診斷方法，一般免疫組化的主要作用是對很難鑒別的良性和惡性組織做出特殊的蛋白染色，然后輔助診斷，免疫組化只是對于良性和惡性的分子分型做出明確診斷。此外，對于沒辦法確定良性和惡性的組織標本，用常規的染色方法無法區別的情況下，也需要做免疫組化，加做特殊蛋白染色。根據這些特殊蛋白染色的結果，確定病變的良、惡性。確診為良性和惡性主要靠HE染色大體標本的病理診斷。免疫組化在病理學上是處在初步診斷以后，在做精確的分子分型的情況下，或者對于疑難病例，可能會加做免疫組化來明確診斷。