在病理中乳腺癌的免疫組化非常重要，乳腺癌的常見免疫組化指標有雌激素受體ER、孕激素受體PR、標記細胞增殖狀態的抗原KI67，還有人表皮生長因子受體-2，即HER-2。另外，醫院免疫組化還包括P63的表達以及CK56的表達。乳腺癌是激素依賴性腫瘤，即乳腺癌細胞的生長依賴雌激素和孕激素的刺激，雌、孕激素通過與乳腺癌細胞上的感應受體結合而發揮作用。免疫組化如果表現為雌激素受體或孕激素受體陽性，就是對內分泌治療敏感。孕激素受體的形成，直接受雌激素受體的控制和調節，故孕激素受體陽性的乳腺癌患者，其雌激素受體大多為陽性。但有些細胞在癌變過程中，受體系統保留很少或完全喪失，不能再作為激素的靶細胞，生長不再受激素的控制與調節，表現為雌激素受體陰性的乳腺癌。