滴蟲性尿道炎用奧硝唑、替硝唑，這類治療滴蟲性尿道炎的藥物比較好。還可以用一些中成藥，包括清淋顆粒、泌淋膠囊，還有紫苓膠囊等，這些中成藥也有清熱利尿、減輕尿路疼痛不適的癥狀。奧硝唑、替硝唑是治療厭氧菌，治療滴蟲型尿道炎最常用，也是最有效的藥物。服用這些藥物以后要多喝水，通過藥物的作用、多喝水，增加尿量，減輕各種細菌在尿液中的濃度，尿道炎才能更快恢復。大量的尿液也可以沖洗尿道，使尿道中細菌存留減少，炎癥能更快消散。有滴蟲性尿道炎的患者，還要注意保持會陰部的清潔衛生，經常清洗干凈，保持局部的清潔。有滴蟲性尿道炎的時候，盡量減少性生活，減少因為滴蟲性陰道炎、尿道炎相互感染、相互污染，引起相互促進的炎癥。