磁共振檢查主要是利用人體內氫質子成像，故可以觀察到的主要是水和脂肪成分，也就是多可以對軟組織結構進行觀察。對于腹部來說，多可以看到肝臟，比如肝囊腫、肝癌、肝臟良性腫瘤，以及膽囊，比如膽囊結石等一系列疾病。 此外，還有脾臟、胰腺、胃、雙腎，以及子宮附件等，都可以利用磁共振檢查觀察是否發生病變，病變是炎癥還是腫瘤，或是先天發育病變等，磁共振通常都可以明確診斷。