腹部磁共振可以對肝臟進行檢查，比如肝血管瘤、肝硬化、肝癌以及遺傳性肝病等，都可以檢查出來，同時最常用的對于磁共振對腹部檢查，比如MRCP，主要對膽道系統進行檢查，如膽道系統內有無結石、壺腹癌、膽管癌、胰腺癌，都可以作為腹部磁共振進行檢查。腹部磁共振主要是對膽道和膽管，還可以檢查腹腔內膽囊，判定膽囊結石、膽囊癌，膽囊的炎癥等相對優勢，除了肝、膽、胰系統外，還可以對泌尿系統，如腎、腎上腺，以及腎癌、輸尿管癌、輸尿管結石都可以檢查。對于腹腔，尤其對于孕婦的婦科疾病，也可以用磁共振進行檢查。