核磁共振可以檢查的疾病較多，身體各個部位都能通過核磁共振檢查疾病、發現疾病，除了肺部屬于含氣器官，核磁共振信號比較弱，而其它實質性器官例如頭顱、脊柱、脊髓、胸部心臟、腹部器官、骨骼等都可以通過核磁共振檢查以明確診斷。從疾病的種類而言，無論是先天畸形、后天疾病，都可以通過核磁共振的成像進行診斷，例如腫瘤、非腫瘤、心臟腫瘤、脊髓腫瘤、椎間盤突出、神經根壓迫等，都可以在磁共振上非常明確看到。神經根壓迫、血管走行、頭顱腦梗等，在CT下未必能明確的顯現，但在磁共振下能夠清楚顯現，血管瘤也可以通過磁共振檢查得到顯現。因此身體任何部位、任何種類疾病，包括先天疾病、后天腫瘤、炎癥等，通常可以通過磁共振進行分辨，尤其是腫瘤與周邊組織之間的關系，都可以在核磁共振的檢查過程中顯現。