原位新膀胱術后并發癥包括常見的全膀胱切除術后并發癥，比如尿液潴留造成的感染、電解質紊亂，以及出血、誤傷周圍臟器等。此外，比較特別的是新膀胱與尿道重新吻合之后，其吻合口的恢復情況有時相對難以控制，可能會造成狹窄、尿液引流困難等情況，屬于原位新膀胱術最多見的問題。但是即使出現此類問題之后，醫生還是有較多方式能夠解決，比如重新做微創的尿道瘢痕切除或者尿道狹窄擴張術。