克羅恩早期可能沒有特異的癥狀，常做內鏡時發現回腸末端，出現非特異性潰瘍。如果是阿弗他樣潰瘍，懷疑是縱行潰瘍，可能需要進行隨訪，如果疾病進一步發展，從而幫助確診。克羅恩沒有診斷金標準，需要通過臨床癥狀，影像學、內鏡以及病理檢查，進行綜合評估。早期沒有癥狀，如果進一步發展，可能出現典型腹痛、腹瀉甚至發燒。影像學特點可能累及結腸、小腸，做小腸CT檢查，可發現小腸出現節段性、跳躍性病變，小腸壁出現增厚或感覺狹窄的表現。做結腸鏡時多數在結腸遠端、回腸末端，可以出現潰瘍，常以縱行潰瘍為主，而且可出現鋪路石樣改變，整個病變可以是跳躍性，不是連續性。如果考慮克羅恩病，可能需要做胃鏡，觀察食管、胃，甚至十二指腸有無受累。如果對相應部位取病理，極少數患者會出現典型非干酪樣肉芽腫，多數人是慢性腸炎表現。此疾病為慢性病程，并不會服用某種藥物，則癥狀以及內鏡下表現較快消除，主要是要密切隨訪。如果發現異常，可能需要6-9個月，再次做內鏡評估，從而調節治療方案。