克羅恩肛瘺是因為克羅恩病時，腸道內容物含有過量的炎癥因子，侵蝕肛門以及肛門周圍的直腸黏膜，引起肛周膿腫，最終形成了肛瘺。克羅恩性肛瘺的治療相對比較復雜，文獻統計很大部分的病人在發生克羅恩病的期間要進行肛瘺的手術，而且這些病人出現的肛周狹窄以及肛門括約肌功能不全很多是因為多次反復的手術而引起的。因此，發生克羅恩性肛瘺的時候，治療一定要進行謹慎。 如果病人沒有癥狀或者癥狀對病人影響不大的時候，不太建議病人進行手術，可以進行保守治療；如果病人癥狀嚴重，要考慮手術治療。首先要評估克羅恩病是在活動期還是靜止期，如果在活動期，手術很難獲得成功，需要通過內科藥物進行治療，將活動期的克羅恩病控制到靜止期，在靜止期的時候進行手術治療。對于靜止期的肛瘺，可以通過比較松的一種掛線來治療肛瘺的發生。