巧克力囊腫的主要表現是痛經、盆腔的腫物、不孕。如果不進行治療，痛經會越來越重，疼痛程度逐漸加重，甚至嚴重影響生活、學習、工作。子宮內膜異位癥不進行治療，不孕不育應該不會緩解，而且隨著年齡的增大，卵巢功能越來越差，以后懷孕的概率越來越小。40歲以后有巧囊的病人，生育希望比較渺茫，由于痛經和性交痛，性生活也不會非常和諧。 巧克力囊腫如果不治療，也存在一定的惡變概率，雖然概率很小，但也確實存在。尤其是絕經以后囊腫長大，疼痛節律有變化，要警惕惡變存在。為緩解疼痛、治療不孕、防止惡變，治療方法有藥物保守治療，還有手術治療。藥物有止疼藥、控制月經的避孕藥、高劑量孕激素，還有促性腺激素釋放激素激動劑等都可以緩解癥狀。 如果癥狀持續的不緩解要手術進行治療，手術方法有開腹、腹腔鏡、巧克力囊腫剔除，剔除巧克力囊腫和周圍病灶包括輸卵管、子宮。切除子宮以后，巧克力囊腫再復發的概率大大減少。還可以輔助中醫治療，比如對于疼痛治療中醫有一定效果。其它治療包括輔助生殖技術，即對于有生育要求的女性，做完手術以后一定要積極助孕，助孕可以促排卵，也可以人工授精，甚至試管嬰兒。如果希望懷孕，術后一定要積極進行相關治療。子宮內膜異位癥早期發現，保守治療能對發展有一定控制，所以應該積極治療。