目前沒有很好的方法來幫助巧克力囊腫徹底不復發，除非進行雙側的卵巢切除。如果卵巢切除以后，不再有雌激素分泌，卵巢囊腫就不會再復發，但是這是非常極端的情況。因為卵巢巧克力囊腫是良性的疾病，所以不能因為良性的疾病就進行卵巢的切除。卵巢切除以后，女性就會缺乏激素的分泌。所以目前為止還沒有方法可以很好地控制卵巢囊腫的復發，卵巢巧克力囊腫又稱為子宮內膜異位囊腫，它是一種女性較為常見的婦科疾病，可能會造成很多的不良后果，比如女性會出現嚴重的痛經，會導致盆腔的粘連，引起不孕癥。巧克力囊腫還會出現破裂，引起急性腹痛，甚至有時需要急診手術來進行治療。對于卵巢巧克力囊腫的治療，可以分為保守性的藥物治療和手術治療，藥物治療主要起的作用也是控制卵巢巧克力囊腫的增長，避免生長過快需要手術，但是也不能起到徹底治療的作用。而手術治療主要是采取巧克力囊腫剝除術，也不會使得卵巢功能丟失。另外還要盡量保護卵巢功能，所以在術后仍然有復發的可能性。