心內膜墊缺損發病機理為四個心腔中間出現缺損，左邊心腔的高壓血大量涌入到右邊心腔，同時由于瓣膜存在畸形，導致大量反流，加重心臟負擔。此時孩子可出現心衰、呼吸功能衰竭、肺動脈高壓等癥狀，繼而引起原發或者繼發改變。 因此，家長要盡早帶孩子去醫院就診，避免錯過最佳手術時機。或在術前進行有效針對性的內科治療，減輕心臟負擔，為手術創造良好條件和時機。