飛秒視力矯正術不疼，包括飛秒激光在內，所有矯正激光手術在手術前，都會點用表皮麻藥，從而使眼表處于麻醉狀態。這樣可以保證患者在手術過程中，不會感到任何疼痛，從而使患者更能配合手術操作。飛秒激光手術中，因為使用的是高能量、高聚焦、切削精準的飛秒激光，所以通常術后恢復期會有更好的恢復效果。使用飛秒激光可以減少術后恢復時間，使患者獲得更好的康復。對于飛秒激光手術而言，手術后麻藥停止作用時，可能會有輕微的眼部不適，如眼部痛、異物感，通常2-3天或1周左右即可消失。角膜激光手術較為安全、無痛苦，飛秒激光更是如此。即使術后可能有輕微不適，但通過使用含人工淚液、激素的眼藥水，都可以使癥狀得到明顯改善、緩解。