核磁共振是比較安全的檢查方式，對人體基本上沒有傷害。但據現在的研究表明，也會造成生物效應，最主要表現在體溫升高，但體溫升高一般在超高強磁共振中比較明顯。所以在實際工作中要注意如果病人體溫高的特別明顯，要暫緩做磁共振檢查，這是磁共振的副作用。 另外，磁共振的副作用還表現在病人的心理作用。因為在磁共振中，空間一般比較密閉，而且聲音比較大，所以會造成病人心理上比較壓抑的感覺，可能做完以后出現不舒服的感覺。磁共振做的時間相對比較長，有時被動體位病人可能會感覺到不舒服。體內植入物會對整個圖像以及病人的身體造成傷害，甚至造成死亡，如心臟起搏器患者絕對不能夠做磁共振。