通常進行腦部核磁共振檢查并無任何副作用，因核磁共振不存在射線，對身體、腦部均無損害。但部分特殊患者無法進行腦部核磁共振檢查，具體如下：1、幽閉恐懼癥：因進行腦部核磁共振檢查時空間較小且為密閉空間，患者可感覺較恐懼、無法忍受，無法進行核磁共振檢查；2、耳部疾病：因核磁共振聲音較小，但部分耳部疾病患者可能會感覺聲音較大，無法忍受，此類患者無法進行核磁共振檢查；3、惡心、嘔吐：進行核磁共振檢查時通常采取平臥位，部分患者可出現惡心、嘔吐癥狀，且當患者存在偏癱情況時，平臥位易引起窒息。