磁共振檢查沒有電離輻射，對人體不會造成輻射傷害。掃描時伴隨噪聲，部分患者會出現耳部不適，但這種情況一般可以避免，患者可以在檢查前把耳部塞住或磁共振存在專門耳塞，可以使用。少數患者可能會出現胸悶、心慌、心悸等不適癥狀，但比例很小。 幽閉恐懼癥患者可能會產生焦慮、心跳加快等反應，其他目前還沒有發現磁共振對人體存在明顯較大傷害，患者可以放心檢查。另外，檢查前患者需要去除所有金屬物品，例如錢包中的硬幣、打火機等，以免進入磁體間后金屬物品被磁場吸引飛出，造成不必要的人身損傷。 磁共振檢查是利用人體組織中原子核內電子的自旋運動，在人體進入磁場后通過施加某種特定頻率的射頻脈沖，使人體組織中的氫質子獲得能量，當終止射頻脈沖后，人體內氫質子釋放能量回到原來的狀態，磁共振設備通過專門的線圈可以接收到氫原子核的動態變化過程，經過對MR信號接收、圖像重建等后處理過程產生出MR圖像。