部分穿刺存在一定風險，但大部分在可控范圍內，可將穿刺理解為小手術。穿刺通常是對疾病診斷不明確，無法判斷下一步治療時才需做，如對甲狀腺、乳腺穿刺可查看此處結節、包塊是良性還是惡性。這種體表部位的穿刺對身體沒有過多害處或害處較少，因為危害僅限于體表，所以其風險較低。部分內臟器官的穿刺，如肝臟、胰腺還有肺，穿刺風險相對較高，可造成出血、感染等，如肺穿刺可造成胸膜腔、氣胸等。但如果經過醫生的各種討論，認為有必要穿刺時，則應承擔風險進行穿刺。目前隨著醫療技術的進步和發展，穿刺風險發生率較低，即使發生，對人體造成大的傷害的風險也較低。