目前國際、國內對蛛網膜囊腫的手術存在一定的爭議，囊腫腹腔分流術一般應用于囊腫比較大，引起腦積水，或者有非常嚴重的壓迫癥狀的患者；通過術前影像學CT、核磁共振的定位，在囊腫內放置一根細引流管，通過皮下隧道一直引流到腹腔，可以將多余的腦脊液流入腹腔，由腹腔內的臟器吸收即可，從而達到治愈目的。 目前臨床上常用的手術還包括開顱手術：將蛛網膜囊腫以及囊壁一起切除；內鏡微創小骨窗治療：將囊壁打開，與其它腦池溝通，腦脊液循環通暢后囊腫會自然消失。臨床上述術式的總體有效率能夠達到90%以上，能夠解決臨床問題。