大部分先天性心臟病不具有遺傳特性，所以不遺傳。臨床常見如動脈導管未閉、室間隔缺損、房間隔缺損、卵圓孔未閉以及法洛四聯癥，此類疾病實際上不遺傳，只是在胎兒發育過程中，由于發育不全或者其他原因導致。遺傳性疾病會引起心臟傳導異常，或者在發育過程當中出現心臟畸形，由于其他疾病造成心臟先天性缺陷。如馬凡氏綜合征，由于其他遺傳性疾病導致心臟損害。