肛瘺術后會出現復發。肛瘺由于術式的不同，術后復發率可從百分之零點幾到百分之五十。傳統手術的復發率相對較低，因其手術操作不同，對肛門括約肌可產生或多或少的損毀。部分操作可影響肛門的功能，最主要的是影響肛門節制及排便，少數患者在肛瘺術后可出現失禁。 但新型的肛瘺手術方式，可保留肛門括約肌，即從保留肛門功能的角度進行手術。因此，手術復發率比傳統手術稍高些。