肛瘺經過手術治療后有可能復發。肛瘺為一種慢性炎癥性疾病，主要表現為肛門里有內口，肛門外有外口，內外口之間有一個慢性炎癥的管道樣結構。內口有腸內容物的進入，進入管道中，可能刺激一次新的急性炎癥產生，使瘺道中產生膿性分泌物。膿性分泌物逐漸增加，從外口流出，為肛瘺的一種常見的表現。反復發作后，可能不單純為一個瘺管，也可能向周圍出現側支。在治療時，這些側支可能找不到，造成手術后，肛瘺再次復發。肛瘺形成的最重要病因，還可能因瘺口較隱匿，手術難以準確找到內瘺口，即內瘺附近，肛隱窩，原發感染病灶的位置。手術的成功與否與原發病灶有關，病灶可能隨著時間延長或者反復發作，難以準確找到。肛瘺術后復發為肛腸科復發率非常高的一種疾病，無論醫生還是患者都非常關注。從患者的角度，一旦肛瘺確診，應盡快予以手術治療。延遲手術或者較長時間的延遲手術，可出現以上情況，可能從簡單的肛瘺變成復雜的肛瘺，即不是出現一個瘺道，可能有多個瘺道的存在。