頜骨囊腫是否嚴重需根據囊腫類型、大小、累及多少牙齒，是否鄰近重要器官和組織結構而定。只要囊腫不是特別大就不算特別嚴重，但是只要發現了就要盡早治療。 平時常見的囊腫大多范圍較小，波及1-2個牙齒，早期沒有癥狀，大到一定程度可使骨壁變薄，觸診時有乒乓球樣的彈性感，表面骨質消失。囊腫位于軟組織下，觸診有波動感，則癥狀輕微。囊腫發展過大，骨質損壞過多時，在下頜骨可能引起病理性骨折；囊腫位于上頜骨，可侵入鼻腔及上頜竇，將眶下緣上推，使眼球受到壓迫，影響視力，甚至產生復視；如鄰近牙受壓，可使牙發生移位、松動、傾斜；有時囊腫因為感染破潰或切開引流，可在相應的口腔黏膜上留下瘺管，這樣比較嚴重；角化囊腫還有一定的復發性和癌變能力。