頜骨囊腫手術不是大手術，可能出現后遺癥主要如下： 1、神經損傷，上頜骨囊腫術后出現上牙槽神經、鼻腭神經、腭前神經損傷，導致唇腭部黏膜、牙齦感覺異常。下頜骨囊腫手術致下牙槽神經損傷，引起下唇麻木，下頜牙槽骨附近牙齦、黏膜感覺異常，但如果僅是神經刮傷，手術中沒有切斷神經，癥狀后期會慢慢恢復； 2、當囊腫波及到牙，即鄰近牙，術后可能出現牙齒松動和脫落； 3、囊腫較大時，術后可能出現病理性骨折，外觀性局部塌陷。 但頜骨囊腫術后的后遺癥不一定出現，幾率很小，而且通常都可以治療和恢復。醫生在手術中考慮及檢查周全，可以避免手術并發癥及后遺癥。