頜骨囊腫癌變的概率較低，也能見到較多罕見頜骨囊腫癌變現象。大部分囊腫是牙源性囊腫，其中最常見的是牙源性角化囊腫。角化囊腫有一定概率，該概率雖然較低，但會出現癌變，一旦出現癌變，癥狀就會出現，如大部分頜骨囊腫沒有癥狀，會在骨頭里生長、變大，骨頭變薄、牙齒松動、移位等。 若出現癌變情況，會出現疼痛特別是出現下唇麻木，這時癌變的可能性較大。癌變長得快，或者囊腫治療之后反復復發，而且復發速度較快，多個點復發，這種都提示有癌變可能。