電子肛門鏡檢查大部分人不痛苦或者僅有輕微痛苦，但是能夠忍受。電子肛門鏡就是經過肛門，用小的電子結腸鏡，觀察腸道是否有病變，一般是自然過程，大部分人都不會很痛苦，個別人可能會痛苦稍重，由于刺激到腸管痙攣等，但是大部分都能克服。患者在做電子肛門鏡檢查之前會局部肛門涂抹止痛膏，降低局部敏感性，有些患者擔心疼痛，可以做無痛電子腸鏡，打麻藥，睡一覺之后，腸鏡檢查即可完成，可能感覺不到做腸鏡的痛苦。建議45歲以上的人群做電子結腸鏡檢查，如果家中直系親屬或者祖父母有腸癌病史，在40歲以上建議做電子結腸鏡或者電子肛門鏡篩查。