大多數人可以耐受胃腸鏡檢查，目前胃腸鏡檢查分為普通胃腸鏡和無痛胃腸鏡。無痛胃腸鏡即在麻醉狀態下完成胃腸鏡檢查，不存在不適的感覺。進行無痛胃腸鏡檢查前，需要由麻醉醫生評估是否能耐受，再在檢查過程中實施靜脈麻醉，靜脈麻醉藥物代謝較快，胃鏡檢查后幾分鐘便可恢復清醒。一般進行普通胃腸鏡檢查也不會感到特別痛苦，但部分人咽反射反應強烈，易出現惡心、想吐的感覺。進行腸鏡檢查時，需向腸腔內注氣，部分人會出現腹部脹痛，類似于排氣及排便感。所以大部分人即使不進行麻醉，也能完全耐受普通胃腸鏡檢查。如果實在不能耐受，可以考慮進一步行無痛胃腸鏡檢查。