多數患者都能夠耐受普通的腸鏡檢查。普通腸鏡在檢查過程中會應用局部的潤滑劑減輕患者的不適感。檢查過程中腸鏡要經過腸管的多個彎曲，操作熟練的醫生可以在操作過程中讓腸鏡盡量取直，增加患者的舒適度。此外減少充氣也能增加患者的舒適度。如果術前做了充分的腸道準備工作，腸道清潔度好，操作的時間縮短，患者的舒適度就會提高，并且更不容易漏診。