飛秒激光用來矯正近視，此種手術現在較為完善，而且隨著技術進一步提升，該手術的安全性、有效性和手術可預測性又進一步大大提高了。所以如此完美的手術，能夠帶給患者較滿意的術后矯正視力。但是既然是手術，就不可能是沒有缺點的，相對而言該手術也與其他手術一樣，也會有手術后遺癥或者并發癥。最常見的后遺癥就是感染，包括術中可能造成感染或者是術后的感染。因為該手術畢竟是在角膜組織里做手術，雖然不用切割角膜瓣，但是需要做角膜基質的透鏡，所以術中的感染或者術后的感染，也不可能完全避免。還有就是干眼或者是術眼疼痛，主要是因為手術切割了角膜基質里面的神經末梢、神經纖維，功能受到了損傷以后，就會產生干眼癥，或者是術后有些患者感到眼睛疼。再就是屈光回退，主要表現在術前高度近視或者超高度近視的患者身上。此種患者做完手術之后，在短期內能夠很滿意的有一個矯正視力。但是有的患者最早術后1-2年就會發現又有近視度數了，有的患者可能會稍慢，大概是術后的3-5年也發現近視的再次出現，此種情況就叫做屈光回退。