做飛秒激光近視手術有后遺癥，但相對準分子激光和其他眼部手術，飛秒激光近視手術后遺癥相對比較少，大體上可以總結為以下幾點：1、感染：包括術中的感染和術后的感染，術中的感染主要是因為使用激光來切削角膜基質，雖然不使用原來傳統的角膜機械刀，但也進行了角膜基質的切削，所以存在感染的風險。術后的感染主要是患者的不配合導致，如果患者術后不注意使用醫生開具的處方藥、不注意洗臉和洗頭的方式，讓臟東西進入眼內，是有感染的風險存在；2、術后眼睛不適：比如術后干眼、術后術眼疼痛，這些感覺來源于角膜內神經纖維被損傷，在角膜基質內進行切削的損傷難以避免，因此后遺癥的發生率也相對比較高；3、屈光回退：可能會再次出現近視現象，這種現象通常發生在術前眼睛度數比較高的患者身上，比如超過了600度或者超過了1000度的患者發生的幾率比較高，度數越高，屈光回退或者再次出現近視的可能性相對就會越高。