醫院獲得性肺炎的致病菌主要是革蘭氏染色陰性的細菌，例如鮑曼不動桿菌、銅綠假單胞菌、肺炎克雷伯桿菌、大腸埃希氏菌等。部分革蘭氏陽性球菌也可以是醫院獲得性肺炎的致病菌，例如金黃色葡萄球菌。部分真菌也可作為醫院獲得性肺炎的致病菌，真菌中的煙曲霉，即曲霉菌，在醫院獲得性肺炎中的占比越來越高。但對于醫院獲得性肺炎的致病菌的分布以及耐藥等特點，不同地域有相應的差別，還要根據本地域的流行病學結果進行初步的判斷，選擇經驗性治療的方案。