腎盂腎炎的致病菌最常見的是大腸埃希氏菌。因為腎盂腎炎通常來說是下尿路感染，其實大腸埃希氏菌是尿路感染常見菌，如果治療不及時，或者菌量過大時，可以出現逆行感染，就是從下尿路到上尿路而導致腎盂腎炎以及全身感染風險的發生。所以致病菌最常見的是大腸埃希氏菌。當然還有一些致病菌在臨床上可以見到，比如金葡菌、綠膿桿菌、肺炎克雷伯菌等，多數都是革蘭氏陰性桿菌，所以在臨床上經驗性用藥以覆蓋革蘭氏陰性為主的藥物選擇。少見相對嚴重的急性腎盂腎炎也可以看到是由于金葡菌或者葡萄球菌引起，這部分的菌感染主要是血行感染，在臨床上也越來越多見，更傾向于選擇抗球菌藥物進行治療。總體來說腎盂腎炎的致病菌最常見的是大腸埃希氏菌，也是在經驗性治療上選藥最常規的藥物的治療菌。