通常牙根囊腫的手術危險較小，但是各種手術均具有一定危險，而危險性大小和囊腫大小、囊腫部位有一定關系，主要情況如下：1、如果囊腫是在前牙區，且囊腫比較小，則危險較小，患者在門診局麻下可以進行牙根囊腫手術；2、如果囊腫在后牙區，鄰近上頜竇，或鄰近下牙槽神經管，則具有一定危險，建議患者住院進行手術，可以局麻下進行，也可以在全麻下進行，根據囊腫大小和患者要求進行治療。如果囊腫比較小，且患者可以配合，在局麻下即可進行牙根囊腫手術，如果囊腫比較大，甚至已經涉及到上頜竇，或者臨近頦孔、下頜神經管，或患者比較恐懼，堅決要求采用全麻進行手術，可以在全麻下進行手術，但全麻進行手術會增加麻醉風險。目前牙根囊腫手術主要采用拔牙摘除囊腫，或先進行根管治療再進行囊腫切除、根尖切除手術，此時需要醫生根據具體情況，選擇不同術式，最好能夠保留牙齒和功能，避免拔牙后再次進行修復，可能會產生一定困難。