牙根囊腫手術一般危險較小，但任何手術均具有一定危險，從大多數上來講，如果及時治療，還是比較安全的。?牙根囊腫就是根尖囊腫，當然可能還有一些相關的，比如角化囊腫，甚至是成釉細胞瘤等。如果根尖囊腫，一般來講不會太大，可能由于牙根發炎，慢性刺激引起的。這種情況下，需要進行根管治療，盡量把牙留住，然后通過手術切掉囊腫，手術不大，但是任何手術都有風險，比如出血、感染、損傷牙根，或者損傷到旁邊的牙齒等。如果進行全身麻醉，就會有麻醉風險和藥物過敏風險，此時危險就比較大。再一個，有可能是角化囊腫，甚至是成釉細胞瘤，就會長得很大，可能半側下頜骨都是，此時有可能要開窗，讓囊腫慢慢縮小后，再手術。如果開窗效果不好，可能半側下頜骨都要切除，這個手術危險就比較大了，可能會影響外形，或者影響氣道，影響呼吸，甚至嚴重時威脅到生命。