全飛秒激光和半飛秒激光使用的激光不同，全飛秒激光全程使用飛秒激光，而半飛秒激光只是用飛秒激光制作角膜瓣，鏡片的磨削是通過準分子激光完成，所以全飛秒激光比半飛秒激光手術更安全。因為無需制作角膜瓣，不易發生角膜瓣扭轉及瓣下混濁、感染，且全飛秒激光手術切口小，術后發生感染可能性低。但與全飛秒激光相比較，半飛秒激光的優勢是可以進行再次切削。全飛秒激光進行二次手術難度較大，但半飛秒激光術后如果由于部分原因需要進行二次手術，則相對比較容易。全飛秒激光因為是最新式手術，相應成本比較高，價格比較貴，半飛秒激光相比較，價位更便宜，但更易發生并發癥，且恢復速度更慢。