病毒性腦干腦炎一旦確診，應該積極處理，因為涉及到腦干，臨床表現比較復雜，而且癥狀比較重，病人常有意識障礙、肢體癱瘓。一般有支持治療，比如加強飲食、加強護理。抗病毒治療臨床上有阿昔洛韋、更昔洛韋，特殊重癥患者可能還要使用丙種球蛋白、激素，比如甲強龍。 為促進恢復還需要腦營養藥物，如奧拉西坦、依達拉奉，特殊病人可做高壓氧治療。在恢復期可使用中醫中藥，有肢體癱瘓患者可以做肢體康復訓練，認知功能障礙人群可進行認知功能恢復，比如有癲癇患者可以用抗癲癇藥，整體屬于綜合治療。一般治療、重點治療、康復治療，盡量減少致死率和致殘率。