腦干腦炎是腦干發生炎癥，廣義范疇屬于病毒性腦炎。臨床表現如眼肌麻痹、眼球活動障礙，有沒有發熱、頭疼、意識障礙、錐體束、吞咽困難、飲水嗆咳、構音不清、聲音嘶啞，因臨床特征較特殊，所以單獨列出。腦干腦炎稱為Bickerstaff腦干腦炎，可發生于任何年齡，青壯年較多見。前驅感染癥狀常不重，有部分學者歸為急性播散性腦脊髓炎或多發性硬化。目前，腦干腦炎可單獨列出來，預后較重，因波及多個顱神經，有時也稱作多顱神經炎。常侵襲面神經、動眼神經、外展神經等，預后常不佳，治療以丙球蛋白和激素為主。