甲狀腺微粒體抗體升高，提示機體發生自身免疫性疾病，機體把甲狀腺當做抗原產生自身抗體，包括微粒抗體、甲狀腺球蛋白抗體等。自身免疫性疾病主要是甲狀腺的疾病，包括橋本氏甲狀腺炎、彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥等。也可見于其它的自身免疫性疾病，包括類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡、多發性肌炎、重癥肌無力等，都可能出現甲狀腺的抗體升高。出現抗體升高時，還需要檢查其它相關的臨床癥狀和體征，如果患者除了出現抗體升高，又發現甲狀腺激素水平的變化，如發生橋本氏甲狀腺炎。隨著病變的進展，除了抗體升高，甲狀腺組織逐漸由淋巴細胞所代替，最終發生甲狀腺功能減退癥。如果發生彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥，甲狀腺激素的抗體可能升高，甲狀腺激素也升高，產生甲亢，需要按照甲亢進行治療。如果沒有甲狀腺的疾病，是由其它的自身免疫性疾病導致抗體升高，需根據不同的臨床表現，做出對應的診斷。