若艾煙量較大、吸入時間較長則對身體有害，且艾葉做成的艾條煙較大。若部分人對煙霧過敏會感到不適，或本身患有感冒聞到味可能感覺不適。若短期吸入艾煙，如治療時20-60分鐘，1-2次/周對人體無較大影響。但若每天在密閉環境中進行艾灸，對人體無益。長期艾灸墻上會有厚煙塵痕跡，說明艾灸煙中顆粒較大，無法完全排出，長期暴露在此類環境中會吸入較多有害物質，盡量保持通風。