目前尚無研究發現醫用磁共振對身體會產生明確傷害，＞7T的高磁場目前還沒有應用于醫療領域。磁共振對人體的影響主要來源于體內金屬異物，如心臟起搏器、動脈瘤夾子，這些是磁共振的絕對禁忌證。磁共振相當于一個巨大的磁體，如果金屬裝置受到磁場吸引發生移動，后果難以想象。因此，核磁共振檢查時，一定要取出活動的金屬假牙以及隨身攜帶的其他金屬物品。 體內有一些不能去除的金屬，如金屬支架、彈片等，為磁共振檢查的相對禁忌證。如果一定要檢查，需注意嚴密觀察，以防止檢查中這些物質移動對旁邊組織、血管產生影響，以免產生嚴重后果。 此外，不可將輪椅推進磁共振檢查室，否則輪椅可能被吸到磁共振機器上。磁共振機子運行中可能產生噪音，可給檢查者戴耳塞來防止磁共振噪聲的影響。磁共振檢查中會產生一定熱量，發熱患者或兒童可能會出汗。磁共振造影劑的反應一般比較輕，且為一過性，經過臨床處理即可緩解。對于孕婦以及有幽閉恐懼癥的患者，不建議進行磁共振檢查。