宮頸癌疫苗和其他疫苗一樣，都有一些副反應，但一般發生率較低，癥狀也較輕。主要包括疫苗局部注射的反應，如注射局部紅腫、發熱、硬結、包塊、局部壓疼，還可以出現類似感冒的癥狀，如乏力、頭暈、頭疼、渾身肌肉酸疼，也有的人群有惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉的癥狀，有的人群有發熱的情況，一般腋下體溫不超過38.5℃。少數人群可能有嚴重的反應，如癲癇、過敏性休克等，副反應的出現可能與患者的自身狀態有關系。所以，注射宮頸癌疫苗以后，要在注射的地方觀察20min，無明顯的身體不適時再離開。宮頸癌疫苗的副作用一般持續3-4天會自然消失，并且注射宮頸癌疫苗的反應因人而異。目前應用的宮頸癌疫苗有3種，有2價疫苗、4價疫苗、9價疫苗，每種疫苗都有其適宜人群。