根據美國國立衛生研究院的評判標準，以及根據腫瘤的發生部位、腫瘤大小、腫瘤是否破裂，以及核分裂象計數這四個因素，可以分為極低危、低危、中危和高危四個等級。以美國國立衛生研究院胃腸道間質瘤共識為基礎，提出的風險評估修改版，是目前廣泛接受的標準，以下六種情況屬于胃腸道間質瘤高危型，一、腫瘤破裂；二、腫瘤>10cm；三、腫瘤的核分裂象計數>10；四、腫瘤>5cm同時核分裂象計數>5；五、原發灶不在胃部，核分裂象計數<5且腫瘤大小在5-10cm；六、原發灶不在胃部、腫瘤大小在2-5cm，同時核分裂象計數>5。危險度分級是患者是否需要進行輔助治療的最主要標準，對于后續獲得良好的治療效果非常重要，高危型的胃腸道間質瘤患者需要在術后服用靶向藥物。