卵巢囊腫5cm是否嚴重，取決于B超的影像學檢查以及腫瘤標志物的結果，常見情況如下：1、如果僅是無回聲直徑5cm的卵巢囊腫，且腫瘤標志物正常，可以定期復查。2-3個月后，月經干凈1-2天復查B超，檢查卵巢囊腫是否持續存在。如果持續存在，可以考慮腹腔鏡檢查；2、如果卵巢囊腫5cm，內有分隔、血流，以及實性成分，可以查腫瘤標志物，以及CT、核磁，以判斷卵巢囊腫的性質。如果有實性成分，或分隔、血流，有交界性或惡性的可能，需要積極進行手術治療；3、如果卵巢囊腫5cm，伴有下腹隱痛，以及急性盆腔炎病史，還有可能是輸卵管卵巢囊腫，為炎癥的改變，可以給予抗炎治療，觀察是否消失或縮小；4、如果囊腫內為密集點狀回聲，伴有痛經癥狀，還有可能是巧克力囊腫。直徑超過4cm的巧克力囊腫，也有手術指征，可以進行腹腔鏡手術。