引起胎兒發育畸形的原因較多，具體如下：1、染色體異常、基因疾病：可能在受精卵形成時，會出現一些先天染色體異常或先天基因疾病。這種狀況下，胎兒在逐漸生長發育的過程中，常會合并有多發臟器畸形。而且可能在懷孕早期，會被自然所淘汰，出現自然流產。如果能夠幸運存活下來，在后續的生長發育過程中，也容易出現多臟器畸形。所以在常規的產前檢查，排查畸形的篩查過程中，需要重點進行一些相應的檢查；2、母體感染病毒、細菌：除了染色體異常、基因疾病等，也可能是由于母體在早孕期間接觸了病毒，感染了病毒、細菌，或患有一些疾病，應用容易導致胎兒生長發育畸形的一些藥物等，容易造成比較嚴重的畸形；3、自發性變異：部分是由于在胎兒生長發育的過程中，出現自發性變異或自發的單臟器發育異常。所以胎兒畸形原因多種多樣，有時候可能難以應用單一因素來予以解釋，所以具體情況需要具體分析。結合每個胎兒畸形存在的嚴重程度，是否合并有多發的臟器畸形，母體在懷孕早期是否有一些特殊疾病，是否應用一些特殊藥物，是否存在一些有毒物質的接觸史，以及是否感染一些特殊病毒等來進行綜合判定，才能為下一步處理提出建議。