藥流后月經不正常，主要是基于藥物流產原理。做藥物流產要吃米非司酮溶解卵巢黃體，早孕期由于懷孕支持需要黃體，卵巢黃體分泌黃體酮，米非司酮的作用是溶解黃體組織，殺死胚胎，促進胚胎流產，同時對卵巢功能有相對持久的作用。可能在流產后半年左右，都會有間斷的作用存在，卵巢功能可能會受到影響，不會導致卵巢功能衰退，而是會影響卵巢內分泌功能。月經靠卵巢排卵、形成黃體，黃體再萎縮，雌激素、孕激素同時撤退，形成月經。所以吃藥物流產中的藥物會對月經有一定影響，但是小概率事件，而且影響程度不會很大，過幾個月可以緩解。