卵巢囊腫不會引起月經不正常，對月經不會有太大的影響。但有部分卵巢的腫瘤，有內分泌功能，稱之為功能性的卵巢腫瘤，因為能分泌女性的激素，所以會對月經有影響。常規的卵巢囊腫對月經沒有影響，月經主要受到卵巢激素周期性變化影響，所以月經是周期性改變，受雌激素和孕激素的影響，發生不同變化。特別是子宮內膜，在雌激素的影響下出現增殖期改變，在孕激素作用下發生分泌期變化。當雌、孕激素分泌下降以后，子宮內膜得不到支撐，就會發生脫落，脫落的子宮內膜和血液混合而形成月經，所以月經的變化是受到卵巢周期性分泌雌、孕激素影響。卵巢囊腫本身不具有內分泌的功能，所以對月經沒有明顯影響。