核磁共振檢查根據檢查部位、器官不同，時間長短不同。一般普通平掃僅需7-8分鐘，如果進行增強掃描、功能成像等，則可能需30-40分鐘，乳腺和肝臟檢查需要20分鐘左右。因此核磁共振檢查根據器官不同、掃描序列不同以及是否需增強，檢查時間也有所差異。 部分器官如肝臟、盆腔等，在識別有無病變、供血情況時，可能需要做增強磁共振，動態觀察血液流動情況。磁共振包括各種序列，如T1、T2動態增強、DWI、DTI灌注彌散等多種功能成像，參數發生變化，呈現出來的序列會比較多，掃描時間即會延長。