腎囊腫是一種病理狀態，故無論大小的腎囊腫均不正常。通常腎囊腫＜4cm，對腎臟的影響較小，若腎囊腫超過4cm，或超過5cm時，則對腎臟有影響。故從該角度看來，腎囊腫＜4cm，因對腎臟影響較小，故算是正常大小。腎囊腫是由膨大的腎小管憩室發展而來，腎小管憩室在長大過程中，和腎小管脫離，形成獨立的囊泡，這種囊泡具有分泌功能，會不停長大，在長大過程中，可能會對腎臟造成一定影響。若腎囊腫超過5cm，通常對腎臟會造成影響，此時一般建議對腎臟進行處理。通常使用外科方法處理較大的腎囊腫，包括穿刺抽囊液并打硬化劑、去頂減壓術、囊腫切除術等。