肝總管結石和膽總管結石不一樣，肝總管和膽總管同屬于肝外膽管，肝總管是指膽囊管開口以上的肝外膽管部分，長度較短，左右肝管匯合成為肝總管，肝總管和膽囊管匯入后稱為膽總管。肝總管位于肝門區，而膽總管長度相對較長，所以臨床上膽總管結石比肝總管結石更常見。肝總管結石堵塞肝門部會出現肝內膽管擴張，但膽囊管位于肝總管下方，所以膽囊不會增大。而膽總管結石往往堵塞膽管中下段，會出現肝內和肝外膽管擴張，以及膽囊增大。膽管結石可以發生位置改變，肝總管結石可能進入膽總管，而膽總管結石同樣會向上進入肝總管，兩者在治療上區別較小，都需盡快通過外科手術或內鏡下治療將結石取出。