蛛網膜囊腫手術有幾種方式，有些稱為去頂手術，使腦脊液能夠進出。有些時候可能無法進行去頂手術，需要將顱骨多處打開促進腦脊液的循環。最好的手段是將整個蛛網膜囊腫、囊壁一起剝除，此時不存在復發的可能性。但是很多的時候手術很難進行，尤其是囊腫在關鍵區域，無法完全剝除，只能局限性地將囊腫壁打開，從而促進相應循環。但蛛網膜本身會生長，如果打開的缺口不足，部分患者在做完手術后缺口又重新長回，患者又重新恢復蛛網膜囊腫所形成的病理基礎，因此囊腫也會出現復發。 但目前微創手術的技巧在不斷的提高，所以手術之后復發的概率也越來越低，這一點取決于手術技巧判斷以及細節的處理。通常多數患者能夠很平穩地度過手術危險期，也不會復發，但是有少數患者確實會發生復發。如果患者復發，又出現了相應的癥狀，壓迫相應功能區，可能需要進行再次手術。